В рамках работы эколого-математического комплекса может быть применено следующее специализированное программное обеспечение:

AnyLogic - программный пакет для многопрофильного имитационного моделирования сложных систем и процессов. Поддерживает основные направления ситуационного моделирования :

  • Дискретно-событийное моделирование;
  • Системная динамика;
  • Агентное моделирование.

Более того, AnyLogic позволяет объединять все вышеперечисленные подходы воедино в рамках одной модели. Широкие возможности продукта делают его эффективным средством моделирования экосистем, распространения аэрозолей и газов в атмосфере, динамики лесных пожаров.
AnyLogic обладает развитыми средствами визуализации процесса и результатов моделирования как на плоскости, так и в виде трехмерных моделей объектов, что значительно упрощает восприятие моделей и их корректную интерпретацию.
Интеграция компилятора Java позволяет расширять функционал программного продукта посредством создания и подключения дополнительных библиотек. Модели могут быть представлены в виде Java-апплетов, что упрощает доступ - весь процесс моделирования будет доступен любому пользователю через браузер. 

TreeAge Pro - программный продукт для принятия решений в условии неопределенности на основе деревьев принятия решений, диаграмм влияния либо марковских моделей. Позволяет работать со сложными аналитическими моделями: структурировать их, выделять возможные варианты поведения, производить поиск оптимальных решений как с позиции максимизации прибыли, так и с точки зрения минимизации рисков, производить анализ чувствительности, имитационное моделирование, оценивать риски и эффективность рассматриваемых решений. Данные возможности позволяют использовать программное обеспечение для оценки экологического ущерба либо рисков его возникновения, поиска оптимальных мер по предотвращению/нейтрализации ущерба.

Для автоматизации импорта и экспорта данных возможна интеграция TreeAge Pro с электронными таблицами либо базами данных. Построенные модели принятия решений можно реализовать в виде автономных программных средств, доступ к которым можно получить как локально, так и через сеть.

COMSOL Multiphysics - средство для моделирования разнообразных физических процессов, описываемых дифференциальными уравнениями в частных производных, посредством метода конечных элементов. Позволяет работать с мультифизическими задачами, описываемыми комбинациями уравнений, благодаря чему может быть произведен комплексный анализ модели. Возможна работа с объектами произвольных геометрических структур, которые могут быть построены как в самой программе, так и импортированы из сторонних САПР.
COMSOL Multiphysics поддерживает работу с такими физическими областями, как моделирование потоков тепла, переноса вещества, электрических токов, плазмы и др. При работе могут автоматически учитываться свойства материалов рассматриваемых объектов. Столь  широкие возможности могут быть применены в комплексном анализе процессов, способных оказать влияние на экологию.
Программа поддерживает параметризованный вывод результатов моделирования в виде плоских или трехмерных объектов. Для интеграции со сторонними средствами и автоматизации моделирования может быть применен пакет MATLAB.